{"id":149847,"date":"2026-03-10T11:12:54","date_gmt":"2026-03-10T10:12:54","guid":{"rendered":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/?p=149847"},"modified":"2026-03-12T08:09:49","modified_gmt":"2026-03-12T07:09:49","slug":"la-urv-desarrolla-pdb-cat-una-nueva-herramienta-para-analizar-mas-de-250-000-estructuras-de-proteinas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/la-urv-desarrolla-pdb-cat-una-nueva-herramienta-para-analizar-mas-de-250-000-estructuras-de-proteinas\/","title":{"rendered":"La URV desarrolla una nueva herramienta para analizar m\u00e1s de 250.000 estructuras de prote\u00ednas"},"content":{"rendered":"

Un equipo del Grupo de Investigaci\u00f3n en Quimioinform\u00e1tica y Nutrici\u00f3n de la Universitat Rovira i Virgili (URV) ha desarrollado PDB-CAT, una nueva herramienta inform\u00e1tica que permite analizar, clasificar y extraer informaci\u00f3n clave de las estructuras tridimensionales de prote\u00ednas depositadas en el Protein Data Bank (PDB), una de las bases de datos de referencia de la comunidad investigadora internacional en biolog\u00eda estructural.<\/p>\n

El PDB recopila estructuras tridimensionales de prote\u00ednas, \u00e1cidos nucleicos y otras macromol\u00e9culas biol\u00f3gicas obtenidas experimentalmente. Estas estructuras son fundamentales para entender c\u00f3mo funcionan las prote\u00ednas, c\u00f3mo reconocen e interact\u00faan con otras mol\u00e9culas y c\u00f3mo se pueden dise\u00f1ar f\u00e1rmacos capaces de modular su actividad.<\/p>\n

Desde su creaci\u00f3n, el volumen de datos del Protein Data Bank ha crecido de manera r\u00e1pida y continuada. A d\u00eda de hoy ya cuenta con cerca de 250.000 estructuras, y sigue aumentando con miles entradas nuevas cada a\u00f1o. Esta avalancha de informaci\u00f3n, aunque constituye un gran activo para la investigaci\u00f3n, plantea dificultades pr\u00e1cticas a la hora de encontrar y seleccionar de manera eficiente qu\u00e9 estructuras son realmente \u00fatiles para una investigaci\u00f3n concreta dentro de un volumen de datos tan inmenso, especialmente en proyectos de dise\u00f1o computacional de f\u00e1rmacos.<\/p>\n

En muchos casos, \u201cuna misma prote\u00edna puede tener decenas o centenares de estructuras disponibles en el PDB. Estas pueden diferir en si la prote\u00edna est\u00e1 sola o unida a un ligando \u2014una mol\u00e9cula\u2014, en el tipo de uni\u00f3n \u2014covalente o no covalente\u2014 o en la presencia de mutaciones respecto a la secuencia considerada de referencia, por ejemplo\u201d, explica Ariadna Llop Peir\u00f3, estudiante de doctorado del Departamento de Bioqu\u00edmica y Biotecnolog\u00eda de la URV y principal responsable del desarrollo del programa. \u201cCuando queremos utilizar estas estructuras en proyectos de dise\u00f1o computacional de f\u00e1rmacos hay que analizar cu\u00e1les existen, en qu\u00e9 se diferencian y cu\u00e1les son adecuadas para el objetivo del proyecto. Hacerlo manualmente es lento, propenso a errores y poco viable cuando el n\u00famero de estructuras es tan elevado\u201d, a\u00f1ade.<\/p>\n

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Ariadna Llop, estudiante de doctorado de la URV que ha desarrollado el programa.<\/figcaption><\/figure>\n

PDB-CAT se ha dise\u00f1ado precisamente para dar respuesta a este reto. La herramienta permite detectar de manera autom\u00e1tica si una estructura contiene un ligando unido a la prote\u00edna, determinar si esta uni\u00f3n es covalente o no covalente \u2014una informaci\u00f3n clave en el desarrollo de f\u00e1rmacos que a menudo no est\u00e1 expl\u00edcitamente indicada en los archivos del PDB\u2014 e identificar posibles mutaciones en la secuencia de la prote\u00edna mediante la comparaci\u00f3n con una secuencia de referencia proporcionada por los usuarios.<\/p>\n

Menos tiempo de an\u00e1lisis, m\u00e1s tiempo para la investigaci\u00f3n<\/h5>\n

Una de las principales fortalezas del software es su eficiencia. PDB-CAT est\u00e1 paralelizado, lo que permite ejecutarlo simult\u00e1neamente en varios procesadores de un mismo ordenador y reducir de manera significativa el tiempo de an\u00e1lisis de grandes conjuntos de estructuras. Gracias a esta optimizaci\u00f3n, \u201ces posible analizar todo el contenido actual del PDB en pocas horas con un ordenador de sobremesa equipado con una CPU potente, lo que convierte esta nueva herramienta en un recurso especialmente \u00fatil para proyectos de dise\u00f1o computacional de f\u00e1rmacos\u201d, se\u00f1ala Said Trujillo de Le\u00f3n, estudiante del doble grado en Ingenier\u00eda Inform\u00e1tica y en Biotecnolog\u00eda, que ha sido el responsable de la implementaci\u00f3n de la paralelizaci\u00f3n del programa.<\/p>\n

\"Santiago<\/a>
Santiago Garcia Vallv\u00e9 y Aleix Gimeno, investigadores del Departamento de Bioqu\u00edmica y Biotecnolog\u00eda que han participado en el estudio.<\/figcaption><\/figure>\n

Para comprobar el potencial de PDB-CAT, este nuevo software se ha aplicado al an\u00e1lisis de todas las estructuras disponibles de la proteasa principal del SARS-CoV-2, una enzima esencial para la replicaci\u00f3n del virus y una de las principales dianas en la investigaci\u00f3n de nuevos antivirales. Mediante esta herramienta, el grupo de investigaci\u00f3n ha podido clasificar sistem\u00e1ticamente las estructuras, identificar cu\u00e1les contienen inhibidores, determinar si la uni\u00f3n es covalente o no covalente y detectar mutaciones y variantes de la prote\u00edna, una informaci\u00f3n clave para avanzar en el dise\u00f1o racional de nuevos compuestos.<\/p>\n

El equipo investigador tambi\u00e9n destaca que PDB-CAT es un software libre y de c\u00f3digo abierto, disponible p\u00fablicamente en GitHub, y va acompa\u00f1ado de un tutorial detallado que facilita su uso tanto a investigadores expertos como a usuarios menos familiarizados con la programaci\u00f3n.<\/p>\n

Referencia bibliogr\u00e1fica:<\/strong> Llop-Peir\u00f3, A., Trujillo-De Leon, S., Pujadas, G., Garcia-Vallv\u00e9, S., & Gimeno, A. (2025). PDB-CAT: A user-friendly tool to classify and analyze PDB protein\u2013ligand complexes<\/em>. Protein Science, 34(12), e70379. https:\/\/doi.org\/10.1002\/pro.70379<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Este nuevo software facilita la clasificaci\u00f3n autom\u00e1tica de las estructuras del Protein Data Bank, una de las bases de datos de referencia internacional que hace posible el dise\u00f1o computacional de f\u00e1rmacos<\/p>\n","protected":false},"author":5,"featured_media":149838,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[117,102,3477,255,100,123],"tags":[],"class_list":["post-149847","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-ciencia-y-tecnologia","category-comunicacion-ciencia","category-bioquimica-biotecnologia-es","category-facultad-quimica","category-investigacion","category-notas-prensa"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/149847","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/5"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=149847"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/149847\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/149838"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=149847"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=149847"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/diaridigital.urv.cat\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=149847"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}